第三军医大学新桥医院呼吸内科是国家级重点学科、全军“重中之重”建设学科、重庆市医学领先学科、博士学位授予点、博士后流动站。呼吸内科共有床位91张，其中呼吸危重监护病房10张床。本学科有钱桂生教授、王长征教授、吴国明教授等国内著名的呼吸病专家。有教授6名,副教授6名,博士生导师5名,具有博士学位35名。获得国家科学技术进步二、三等奖2项、军队及省部级二等奖以上奖项30多项。在危重呼吸衰竭救治、哮喘、慢性阻塞性肺病（慢支炎\肺气肿）、肺癌、慢性咳嗽等疾病的诊治方面具有国内一流的水平，有自己的明显特色。
本科是中国人民解放军呼吸系统疾病研究所、国家级重点学科，重庆市人类疾病基因研究所、临床医学博士后流动站、博士学位授予点。现任名誉所长毛宝龄教授，所长钱桂生教授，副所长王长征教授、吴国明教授、杨晓静研究员。共有专业技术人员37名，其中国家级有突出贡献中青年专家1名，享受政府特殊津贴5名，博士生导师6名、硕士生导师5名，教授、主任医师6名。已招收培养临床博士后4名、博士研究生62名、硕士研究生58名、进修医师245名。
本科展开床位60张，设有一间有6张监护病床的监护病房，配有PB840型、vision300型、bear1000型、伽利略型呼吸机各一台，临床实验室配置先进的检查仪器，有肺功能测定体描仪、运动心肺功能仪和营养代谢测定仪。在急慢性呼吸衰竭、动脉血气监测与酸碱失衡、慢性阻塞性肺病和支气管哮喘等领域已形成一定的优势和特色，诊治水平居国内领先地位。
在国务院学位评委、全军呼吸内科专业主任委员钱桂生所长的带领下，学科在全身炎症反应调控机制的研究、ARDS发病机理和临床诊治方面达到国际先进水平，显著降低了战、创伤ARDS的病死率，获国家科技进步二等奖；他创立了三重酸碱失衡理论并将其应用于临床，使呼吸衰竭等危重病患者的救治水平显著提高，达国内领先水平。支气管哮喘、肺心病、肺癌的诊治技术处于国内先进水平。由于钱桂生教授在呼吸病学领域的杰出贡献，被授予国家级有突出贡献的中青年专家和军队科技金星。
本所雄厚的科研实力推动呼吸疾病临床诊治水平的提高，先后获国家、军队科学技术进步奖42项，获各类课题资助50项。1986年--2001年发表论文578篇，主编专著7部、参编专著9部。1999年成立重庆市人类疾病基因研究所，开展以肺癌，哮喘为重点的人类疾病相关基因的克隆。2002年我所建立了西南地区第一个ATP-TCA肿瘤化疗药敏检测中心，为肿瘤化疗药物选择提供了可靠依据，从而提高了肺癌化疗的有效率。
本学科实验室是中国人民解放军呼吸病研究重点实验室、 重庆市重点实验室、重庆市人类疾病基因研究所。拥有一栋面积为2025平方米的专用实验大楼，有染色体全自动分析仪、荧光／磷光发光光度计、全自动荧光显微照相系统、紫外／可见光分光光度计、基因扩增仪、遗传分析仪等本学科专用各类仪器设备，总价值680余万元。
目前开展的临床专科检查及实验技术:
1、全套肺功能检测 :包括肺容量、通气功能、肺弥散功能、小气道功能、呼吸顺应性、气道阻力、气道反应性（支气管激发试验）、支气管舒张试验和呼吸肌功能测定。
2、血液或体液的pH、PCO2、P02、HC03-测定，气体PCO2、P02测定;
3、胸腔镜检查;
4、纤维支气管镜检查术;
5、支气管肺泡灌洗术;
6、经皮及经支气管肺穿刺术;
7、支气管哮喘过敏原检测;
8、营养代谢检测;
9、肿瘤化疗药敏检测;
10、PCR检测技术。
目前开展的临床专科检查及实验技术:
1、全套肺功能检测 :包括肺容量、通气功能、肺弥散功能、小气道功能、呼吸顺应性、气道阻力、气道反应性（支气管激发试验）、支气管舒张试验和呼吸肌功能测定。
2、血液或体液的pH、PCO2、P02、HC03-测定，气体PCO2、P02测定;
3、胸腔镜检查;
4、纤维支气管镜检查术;
5、支气管肺泡灌洗术;
6、经皮及经支气管肺穿刺术;
7、支气管哮喘过敏原检测;
8、营养代谢检测;
9、肿瘤化疗药敏检测;
10、PCR检测技术。
