新桥医院心血管外科是校院特色科室，筹建于1952年，是国内最早建立的专业胸心血管外科之一。1953年开始进行肺和食管手术，1954年施行心包手术，1956-1958开展了动脉导管结扎和闭式心脏二尖瓣扩张手术。1959年在低温下施行房间隔缺损和肺动脉瓣切开等心内直视手术。1964年开展了低温体外循环下心内直视手术，这些工作为中国胸心血管外科的创立和早期发展做出了重要贡献。

    科室心脏手术累计近6000例，年体外循环心内直视手术数逐年增加，近年手术量迅速增加。1998年超300例，1999年达400例，2000年过600例，2001年可突破800例，2002年达到1000例。年手术例数居重庆首位和西南地区前列，达国内综合医院心外科先进水平。在婴幼儿和复杂先心病、复杂重症心瓣膜病等疾病的外科治疗方面达国内先进水平，开展浅低温体外循环下心内直视手术2000余例，并与微创技术结合应用于婴幼儿和复杂瓣膜病手术，应用范围和技术水平达国内领先水平。

科室的宗旨是用最新的理论、最佳的方法、最精的技术、最优的态度和最低的费用为心血管疾病患者服务。