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疫苗的種類愈來愈多，一般民眾常常會懷疑打這麼多疫苗，可能會使得我們的免疫系統無法負荷。其實不只是一般民眾，這種疑慮也存在於一些醫師的心中。為了在兒童同時完成不同疫苗的接種，目前已經有多合一的混合疫苗 (combination vaccine) 出現，有些醫師也常常會提出質疑，人體一次面對這麼多種疫苗的刺激，是否可以承受得了？也有醫界人士對於疫苗抱持另一種懷疑的態度，他們認為用人為的方式去改變我們的免疫系統，是違乎自然而可能會導致不可預測的後果。像流行性感冒疫苗必須每年都接種一次，是不停地違反自然而會加速病毒的突變。
事實上，我們的免疫系統每天都在面對不同的外來抗原。我們進食的時候都會將各種細菌引入體內，所以不計其數的細菌生存於我們的呼吸道與消化道，我們的免疫系統也不停地接受不同抗原的刺激。每一次病毒性呼吸道感染都會讓人體暴露於4到10種外來抗原，一次鏈球菌咽喉炎則會引入25至50種抗原。學者專家們都已經確認多種疫苗的刺激並不會造成免疫系統的過度負擔，同時接種多種疫苗也不會對免疫系統造成傷害。多合一混合疫苗的上市，都必須經過研究證實人體的免疫系統確實可以對於各種疫苗的成份都產生充分的免疫反應，所以我們不必擔心抗體反應不足的情形。
用人為的疫苗去預防疾病，當然是違反自然，但是幾乎所有的醫療行為都是違反自然的。醫學界發展出抗生素等違反自然的藥劑去對抗細菌感染、用各種外科手術去與自然發生的疾病搏鬥，其結果是醫學減少了人類的苦痛、延長了人類的壽命。當然，在物競天擇的原則之下，自然界也會不停地調適，所以我們會看到抗藥性細菌的出現，也會看到病毒突變而穿透我們免疫系統本有的防禦網。例如，大規模接種B型肝炎疫苗以後，我們發現B型肝炎病毒會發生突變，其中有一些就導致疫苗的保護失效。但是這種突變的發生率很低，目前我們還不需要製造新的疫苗去應付這些少數的病毒突變，而大規模的B型肝炎疫苗注射，已經使國內兒童的慢性帶原率下降到百分之一左右、使得國內兒童的肝癌發生率明顯下降，各種不同的疫苗在事實上已經挽救了很多、很多生命。
每年都接種流行性感冒疫苗，是為了應付經常突變的病毒，目前並沒有任何證據顯示這種作法會加速病毒的突變。即使不打疫苗，人群的免疫系統也會對新型流行性感冒病毒產生免疫力，同樣會對流行性感冒病毒產生可能導致突變的免疫壓力 (immune pressure)。所以在自然的情形下，流行性感冒病毒本來就會不停地突變。免疫壓力的產生是自然就會發生的事，用疫苗來產生免疫壓力的好處是，人類不必因為嚴重的自然感染而產生併發症或死亡。 |
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