规定用人单位缴费率控制在职工工资总额的6%左右，是根据基本医疗保险水平要与我国社会主义初级阶段生产力发展水平相适应的原则，按照财政和企业的实际负担能力测算提出的。据近几年统计测算，全国职工实际发生医疗费占工资总额的比例约为10%左右，其中财政和企业实际负担医疗费用占工资总额的比例为7%左右，扣除不在基本医疗保险范围的离休人员、大学生等费用和企业工伤、生育医疗费用，财政和企业实际负担医疗费用占工资总额的比例，约为6%左右。6%也就是全国平均财政和企业所能支付的基本医疗保险费用。因此，从全国水平看，以6%左右作为全国用人单位缴费率的控制标准，符合目前阶段我国生产力发展水平，财政和企业能够承受。但由于我国存在较大的医疗消费差异，因此还不能将6%作为全国用人单位缴费率的绝对控制标准，具体到各统筹地区，用人单位缴费率还要切实根据当地财政和企业的实际承受能力合理确定。
　　这就使任何地区都会面对一个双重标准的问题：以同样一个根据财政和企业实际承受能力为原则确定缴费率却要在控制标准与实际测算标准之间选择一个既符合国家需要，又符合当地实际的缴费标准。假如一个医疗消费水平较高的地区，实际测算的结果高达10%，而另一类地区实际测算只有4%，显然，对前一类地区按6%确定会大大降低医疗保险水平，而后一类地区按6%确定却会导致财政、企业负担不起。为此，从国家保险的全局考虑，各地在确定基本医疗保险单位缴费率时，必须按照实际测算在6%以内的，不能攀比，不能提高到6%，超过6%的，要从严控制的原则确定。